Em 1992, chegava ao Palmeiras um jogador que se tornaria uma referência no clube. Marcos começou nas categorias de base do Lençoense, na cidade de Lençóis Paulista, mas foi no Palestra Itália que se tornou profissional. Sua estreia aconteceu no dia 16 de maio daquele ano, num amistoso contra a Esportiva Guaratinguetá. Após essa partida, se tornou terceiro goleiro do clube, mas só voltou a jogar em 1996, quando já era a segunda opção.
Em 1999, tudo começou a mudar na vida de Marcos. Ele saiu do banco para ser o principal jogador na conquista da Libertadores daquele ano. O titular Velloso se machucou e Marcos assumiu a vaga de titular na quinta rodada da competição. Nas quartas de final, contra o rival Corinthians, o goleiro fez milagres e levou seu time a semifinal na vitória nos pênaltis. Com o título, recebeu o apelido de "São Marcos" e foi eleito o melhor jogador da competição.
No ano seguinte, foi decisivo novamente na semifinal contra o Corinthians, pela Libertadores, ao defender o último pênalti, cobrado por Marcelinho Carioca, e eliminar o clube alvinegro. Na mesma competição em 2001, levou o clube às semifinais ao defender três pênaltis do Cruzeiro. Em pouco tempo, Marcos já era ídolo da torcida palmeirense. Em 2002, virou ídolo do Brasil inteiro.
Convocado por Felipão, treinador do título da Libertadores de 1999, para a Seleção Brasileira, o goleiro foi titular na Copa do Mundo do Japão e da Coreia do Sul. Fez a defesa que foi eleita pela Fifa a melhor da competição, na cobrança de falta de Neuville na final contra a Alemanha e foi o terceiro melhor arqueiro, sendo fundamental para o Penta. Valorizado, Marcos recusou uma proposta do Arsenal, da Inglaterra, para ficar no Palmeiras, que havia sido rebaixado e ia disputar a Série B em 2003.
Em 2007, colecionou lesões que o fizeram ficar até 11 meses fora dos campos. Voltou em 2008, foi campeão paulista e completou 400 jogos com a camisa do clube alviverde. No mesmo ano, foi eleito o terceiro jogador mais popular do mundo pela IFFHS (Federação Internacional de Estátisticas e História do Futebol). Em 2009, relembrou os velhos tempos ao defender três pênaltis do Sport nas oitavas de final da Libertadores da América e dar a vitória para sua equipe.
Marcos não se cansava. Em 2010, atingiu a marca de 500 jogos pelo Palmeiras, tornando-se o sétimo jogador a mais jogar pelo clube. No dia 18 de setembro de 2011, realizou sua última partida oficial no empate por 1 a 1 entre Palmeiras e Avaí, válido pela 24.ª rodada do Campeonato Brasileiro. Com tantas glórias, o goleiro de 38 anos anunciou nesta quarta-feira que não vai jogar mais. Fim de uma história de sucesso de um jogador que engrandeceu o futebol brasileiro.
